Okulumuz; 1975'te Suphi Koyuncuoğlu Ortaokulu bünyesinde Bornova Ortaokulu adıyla kurulmuş müstakil bir ortaokuldu. Daha sonra okul Atatürk Mah. Zehra Hocahanım İlköğretim Okulu bahçesindeki şantiye binasında ve oradan da şimdiki Mevlana İlköğretim Okulu'nun bulunduğu binada eğitim-öğretime devam etti. 1986'da kendi binasına taşınarak eğitim-öğretim faaliyetini burada devam ettirmiştir. Okul 2003-2004 eğitim-öğretim yılında Cumhuriyetimizin kuruluşunun 80. Yıldönümü sebebiyle adının başına 80.Yıl ibaresi eklenerek okulun adı 80.Yıl Bornova İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir. 2012-2013 Eğitim Öğretim yılında tekrar Ortaokul olarak değiştirilmiştir.
Diyarbakır Lice'de 18 Şubat 2016 tarihinde bombalı saldırı sonucunda şehit olan Jandarma Er Mustafa Nerkis'in adı okulumuza verilmiş ve 25 Mayıs 2020 tarihinden itibaren okulumuzun adı "Şehit Mustafa Nerkis Ortaokulu" olmuştur.
Aziz şehidimiz Jandama Er Mustafa Nerkis, Kütahya İli Simav İlçesi Beyce Kasabasının ilk şehididir. Olur da bir gün yolunuz Beyce kasabasına düşerse uzun selvi ağaçlarının arasında dalgalanan şanlı Türk bayrağının altında "ŞEHİTLER ÖLMEZ VATAN BÖLÜNMEZ" denildiği gibi asla ölmeyecek olan Jandarma Er Mustafa Nerkis karşılayacaktır...